双方已达成和解协议,申请撤诉,但公安机关不撤案

在双方已达成和解协议并申请撤诉的情况下，如果案件仍涉及《治安管理处罚法》或《刑法》的相关规定，如涉及公共安全、严重违法或犯罪行为，公安机关有权不撤案并继续行使侦查权。这是根据《治安管理处罚法》及《刑法》的相关规定，公安机关有责任维护社会治安，确保法律得到严格执行。
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从法律角度，若对公安机关不撤案的决定有异议，可：1.向公安机关提出复议申请，要求重新审查案件；2.若复议无果，可向上级公安机关或政府法制机构申诉；3.必要时，寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。务必保持冷静，依法行事。
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若公安机关决定不撤案，具体操作包括：1.继续调查取证，确保案件事实清楚；2.根据调查结果，决定是否对涉案人员进行处罚；3.若案件构成犯罪，移送检察院审查起诉。这些操作旨在确保法律公正执行，保护公共利益。